过去，有个神秘男孩使用不可思议的妖怪手表作战，然而这名男孩始终会成长为大人，并且渐渐失去看见妖怪的能力，而完成使命的手表也因此被遗忘在时间的洪流里。三十年后，原本和平安详的日常却遭受突如其来的彗星威胁，妖怪病毒趁机肆虐使人们感染「恶意」，病毒也因此而扩散。全新的妖怪手表将会找出被选召的孩子，与他一同展开全新冒险，重拾人类与妖怪的友情与羁绊。在这次的作品中，各位熟悉的妖怪地缚喵等角色将会拥有光明面与阴暗面。此外，在妖怪世界中活跃的鬼太郎也将登场，协助景太的女儿一同抵抗复活的邪恶鬼王！