2012年9月，一艘海上游艇内的所有乘客全部死于非命，死状和被急冻而死的吉川（北村一辉 饰）如出一辙。与此同时，某SPEC能力持有者（HOLDER）附体警视总监似内晶（磨赤儿 饰）的身上造访未详总部，他代表所有反抗体制的SPEC HOLDER发出警告，强烈要求立即中止针对他们的“简单计划”（Simple Plan，SP）。

      某天，志村美铃（福田沙纪 饰）向正执行搜查任务的当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文梵流（加濑亮 饰）求助。原来她偶然在当今日本政坛支配者的御前会议上听到了关于SP的阴谋而被追赶，追她的人则是内阁信息调查室（CIRO）的特务班成员。濑文意外发现，其中一人正是他的旧爱青池里子（栗山千明 饰），数年前她为了执行任务销声匿迹，以至濑文也一度认为她早已死去。当得知里子独自抚养女儿小润（森山树 饰）时，他甚至怀疑小润是自己的亲生骨肉。就在此时，本该死去的一十一阳太（神木隆之介 饰）突然出现，准备将美铃带回组织。临行前，美铃警告当麻一定要阻止法蒂玛的第三个预言。

      不久，一十一公开发布了即将刺杀御前会议中冒牌成员的犯罪宣言，并挟持警视总监和小润为人质。身份扑朔迷离的津田助广（椎名桔平 饰）以公安零课首脑的身姿出现，部署并召开应对一十一的紧急会议。作战小组奇袭会场，与把守于此的SPEC HOLDER Madam阳（浅野优子 饰）陷入苦战。在战斗中濑文和青池均身负重伤，而当麻左手早已被封印的SPEC又开始苏醒。复苏后的SPEC如同脱缰野马一般，完全不受当麻的控制，甚至令她与濑文举枪互指。多亏野野村（龙雷太 饰）的鼓励才让他们重新认识到身为刑警的职责和意义。

      次日，营救小组和津田的部队再度突袭一十一的巢穴，克隆了阳太的SPEC HOLDER现出了原形，而濑文与当麻这对搭档也将面临生死的考验。残酷的战争依然继续，法蒂玛第三个预言将会是什么…