承接第一集，贺英（甄子丹饰）、萨獒（王宝强饰）及聂虎（喻亢饰）于青马大桥恶战，贺英中弹与萨獒双双堕海，下落不明。元龙（任达华饰）已晋升为香港警务处长，并动用大批警力，成功找到贺英。
　　元龙得悉贺英想运用时空金球回到400年前，改变历史拯救桃园村村民，他于是带同贺英与聂虎前往北京寻找时空金球的下落。元龙急于回到明朝成其大事，贺英不从，最后以小美性命（黄圣依饰）要胁英说出口诀，重启金球穿越回到明朝谋朝篡位。
　　最后金球顺利把龙虎二人送回明朝，贺英与小美却在不同时空穿越，幸而赶及在元龙的诡计得逞之前回到桃园村。眼看距离历史发生屠村的日子渐近，贺英下定决心尝试改变历史…